Recherche des cibles de Rbf1 impliquées dans ses activités pro et anti-apoptotiques chez la drosophile
- Authors
- Publication Date
- Mar 30, 2023
- Source
- HAL-Descartes
- Keywords
- Language
- French
- License
- Unknown
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Abstract
Le gène suppresseur de tumeurs RB1 code la protéine pRb, dont l'activité est altérée dans la plupart des cancers humains. pRb est un co-facteur de transcription. Généralement décrit comme régulateur du cycle cellulaire, il est également impliqué dans d'autres processus comme l'apoptose. Cependant, ce rôle est moins bien caractérisé. Nous utilisons Rbf1, l'homologue de pRb chez la drosophile, pour étudier son rôle dans l'apoptose. Rbf1 induit l'apoptose quand il est surexprimé dans le disque imaginal d'aile larvaire mais protège de l'apoptose induite par le pro-apoptotique p53 dans les neurones. Son activité pro-apoptotique implique un contrôle transcriptionnel de régulateurs de l'apoptose dépendant du complexe dREAM qui comprend entre autres Rbf1 et le facteur de transcription dE2F2. L'activité anti-apoptotique de Rbf1 est bien moins caractérisée. Elle pourrait impliquer des régulateurs différents au sein du complexe dREAM et des gènes cibles différents. La compréhension des mécanismes de régulation médiés par ce complexe hautement conservé est possible notamment grâce aux études portant sur les organismes modèles, dont la drosophile.Ce projet de thèse visait à identifier les cibles directes de Rbf1 dans un tissu dans lequel il est pro-apoptotique, et dans un tissu dans lequel il est anti-apoptotique. Afin de déterminer les régulations transcriptionnelles pouvant expliquer ce rôle opposé vis-à-vis de l'apoptose, nous avons utilisé des approches de ChIP-seq et de RNA-seq. J'ai mis au point les outils nécessaires pour ces approches. Notamment, un protocole d'isolement en masse des disques imaginaux d'aile, permettant de s'affranchir de la dissection et de la variabilité qu'elle induit, a été mis au point et publié. Bien que des difficultés techniques ne m'aient pas permis d'identifier de gène régulé différentiellement dans ces deux tissus, je me suis formée à l'analyse bio-informatique de données de séquençage et j'ai réalisé ces traitements et analyses.
