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Intégration de données et prédiction d'interactions protéiques chez Bacillus subtilis

Authors
  • HOEBEKE, Mark
  • BESSIERES, Philippe
Publication Date
Jan 01, 2005
Source
OpenGrey Repository
Keywords
Language
English
License
Unknown

Abstract

A major part of this work is related to making bioinformatics applications available to the community of biologists. It covers data integration aspects as well as those tied to user interfaces. During this thesis, several databases have been put on-line: a database managing experimental data about protein interactions (SPiD), and a more integrative database (SeqDB/ORIGAMI) containing completely sequenced microbial genomes and their annotations, as well as results of in silico analysis programs. Each of these databases is provided with the appropriate access layers (an interactive graphical user interface for the interaction database and a programmatic interface for the integrative database). A generic client allowing the simultaneous exploration of several annotated genomes, accompanied by analysis results, has also been developed, and has proven useful for the navigation through the results contained in ORIGAMI. These different ressources have been used in order to predict novel protein interactions in B. subtilis. The prediction are based in part on orthology relationships between proteins belonging to interaction networks of other species, and those of B. subtilis. Other prediction sets exploit various levels of neighborhood conservation within groups of completely sequences genomes (gene fusions, immediate neighborhoods or more distant neighborhoods). / Le travail de thèse concerne en grande partie la mise àdisposition de la communauté des biologistes d'applications bioinformatiques. Y sont abordés aussi bien les aspects liés àl'intégration des données que ceux relevant des interfaces utilisateur. Dans le cadre de cette thèse, plusieurs bases de données ont été mises en production : une base de données de résultats expérimentaux dédiée aux interactions protéiques (SPiD), et une base de donnée plus intégrative regroupant aussi bien des génomes annotés que des résultats d'analyse in silico (SeqDB/ORIGAMI). Chacune de ces bases a été munie d'interfaces d'accès adaptées (interface graphique dynamique pour la base d'interactions, interface programmatique pour la base de données intégrative). Un client générique pour l'exploration simultanée de plusieurs génomes annotés, complétés par des résultats d'analyse a également été développé et trouve notamment son utilité dans l'exploitation des résultats contenus dans ORIGAMI. Ces différentes ressources ont été utilisées pour les prédictions d'interactions protéiques dans B. subtilis. Ces prédictions se fondent d'une part sur les relations d'orthologie entre des protéines appartenant à des réseaux d'interaction chez d'autres espèces, et les protéines de B. subtilis. Et d'autre part, elles utilisent les différents niveaux de conservation du voisinage des gènes dans un ensemble de génomes complètement séquencés (fusion de gènes, voisinage immédiat, voisinage plus éloigné). / VERSAILLES-BU Sciences et IUT (786462101) / Sudoc / Sudoc / France / FR

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