Implication de l'E3 ubiquitine ligase TRIP12 dans l'organisation de la chromatine
- Authors
- Publication Date
- Oct 26, 2023
- Source
- HAL-Descartes
- Keywords
- Language
- French
- License
- Unknown
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Abstract
TRIP12 est une E3 ubiquitine ligase nucléaire de type HECT qui est surexprimée dans de nombreux cancers. TRIP12 est impliquée dans plusieurs fonctions nucléaires via son domaine catalytique HECT. En effet, elle joue un rôle dans la carcinogénèse pancréatique en contrôlant la stabilité de PTF1a, un facteur de transcription essentiel pour l'homéostasie pancréatique. TRIP12 régule les complexes de remodelage de la chromatine SWI/SNF et PRC1 en induisant respectivement la dégradation de BAF57 et ASXL1. De plus, TRIP12 est impliquée dans les mécanismes de réparation des dommages à l'ADN en ciblant RNF168 et (par)PARP1. Récemment, nous avons identifié dans l'extrémité N-terminale de TRIP12, une région intrinsèquement désordonnée (IDR) qui lui permet d'interagir avec la chromatine. Les conséquences d'une surexpression de TRIP12 observée dans les cancers sur l'homéostasie de la chromatine et l'implication de son IDR dans ce processus sont méconnues. Ainsi, les objectifs de ma thèse étaient de caractériser le rôle de TRIP12 dans l'organisation de la chromatine et déterminer les conséquences de l'interaction TRIP12/chromatine sur des processus nucléaires tels que la réponse aux dommages à l'ADN. Pour cela, j'ai établi le proxisome de TRIP12. J'ai identifié 327 protéines statistiquement enrichies à proximité de TRIP12 dont des substrats déjà connus tels que ASXL1 et BAF57. Via des analyses de réseaux protéiques, j'ai constaté que les partenaires de TRIP12 sont majoritairement impliqués dans l'organisation de la chromatine et les modifications des histones suggérant un rôle de TRIP12 dans ces fonctions. Par des approches de microscopie à haute résolution, j'ai démontré que la surexpression de TRIP12 modifie l'organisation de la chromatine en formant de condensats d'hétérochromatine grâce à son domaine IDR et indépendamment de son activité catalytique. Ces condensats sont dynamiques, réversibles et sont contrôlés par une séparation de phase de type polymère-polymère. En parallèle, j'ai étudié les conséquences fonctionnelles de ces condensats de chromatine sur, entre autre, l'accessibilité du génome et les mécanismes de réparation de l'ADN. J'ai mis en évidence une importante diminution de l'accessibilité globale du génome suite à la surexpression de l'IDR de TRIP12. Par ailleurs, il est connu que le niveau de compaction affecte l'efficacité de mécanismes de réparation de l'ADN. J'ai observé une diminution drastique de la formation des foyers MDC1 après irradiation dans des cellules surexprimant TRIP12 et ce indépendamment de son activité catalytique. Cette inhibition affecte les effecteurs en aval de MDC1 tels que les protéines 53BP1 et BRCA1 en empêchant également la formation de foyers. L'ensemble de mes résultats révèle ainsi un nouveau rôle dynamique de TRIP12 dans l'homéostasie de la chromatine en induisant la formation de condensats. Le domaine IDR de TRIP12 est responsable de la formation de ces condensats. Ces derniers altèrent des processus biologiques majeurs tel que la réparation des dommages à l'ADN. La surexpression de TRIP12 pourrait drastiquement modifier l'organisation et l'expression du génome de cellules cancéreuses ainsi qu'augmenter leur sensibilité aux chimiothérapies.