Approches génomiques de l’interaction Ostreococcus tauri-Prasinovirus

Dans les écosystèmes marins, la population phytoplanctonique est sujette à l'infection par des virus géants affiliés au phylum Nucleocytoviricota. Nous nous sommes concentrés sur l'un des systèmes hôte–virus les plus abondants et les plus répandus dans les régions marines côtières : Ostreococcus tauri–Prasinovirus. En culture, l'émergence d'une résistance chez les microalgues sensibles aux virus a été observée et semble être le produit de variations structurelles importantes dans un chromosome spécialisé dans « l'immunité », appelé SOC (small outlier chromosome). Dans ce contexte, nous avons cherché à acquérir des connaissances sur les bases génétiques de la résistance aux Prasinovirus par une approche génomique. Ce travail a fourni une description préliminaire de l'activité des rétroélements dans la souche RCC1115 d’O. tauri, attestant de leur importance dans l'évolution des génomes des microalgues. Le second objectif de cette thèse était de décrire la diversité génomique et les mécanismes sous-jacents à l'évolution de la gamme d'hôtes des virus infectant O. tauri (OtVs). Nous suggérons que l'évolution de la gamme d'hôtes des prasinovirus est principalement médiée par l'échange rapide et la recombinaison de gènes impliqués dans la reconnaissance de l'hôte qui sont principalement concentrés dans un locus génomique hautement variable, façonnant ainsi leur diversification et leur évolution. Globalement, ce travail de thèse nous a permis de mieux décrire les corrélats génomiques de la coévolution hôte–virus dans ce système enfermé dans une dynamique de course aux armements.