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La plupart des esp ces v g tales sont des polyplo des r cents ou anciens L allopolyplo disation qui r sulte d une hybridation intersp cifique coupl e une duplication g nomique joue un r le fondamental dans l volution des plantes Elle provoquerait des changements de l organisation du g nome et de la r gulation de l expression des g nes qui seraient l origine de nouvelles aptitudes de ces plantes Dans ce contexte l tude des m canismes de conciliation des r seaux parentaux de r gulation des g nes semble essentielle pour d finir leur r le dans la variation de l expression des g nes Le genre Coffea compos d esp ces diplo des pouvant s hybrider et d une esp ce allot traplo de C arabica constitue un mod le appropri pour cette tude L allopolyplo de pr sente deux sous-g nomes hom ologues peu diff renci s provenant de l hybridation de C eugenioides et C canephora A l inverse de ses esp ces parentales qui se caract risent par des cosyst mes diff rents et d amplitude thermique faible C arabica se d veloppe en tol rant des variations de temp rature plus importantes Ce travail a consist tudier chez C arabica les cons quences de l hybridation sur la variation de l expression et de la r gulation des g nes et analyser la variation de l expression des g nes hom ologues et son implication dans les capacit s adaptatives L expression et la r gulation des g nes au sein d hybrides F1 entre C canephora et C eugenioides ont t analys es en utilisant la technologie RNA-seq L tude de ces hybrides a montr que les esp ces parentales se distinguent par une proportion importante de divergences de trans-r gulation Pour 77 des g nes diff remment exprim s entre les esp ces parentales et les hybrides le niveau d expression de l hybride est comparable celui de l une des esp ces parentales c est le ph nom ne de level expression dominance L analyse de l expression all lique sp cifique a permis de caract riser la r gulation de l expression des g nes les deux all les sont exprim s avec exceptionnellement un biais en faveur d un g nome L expression des g nes est d termin e par des combinaisons complexes de divergences de cis-r gulation des esp ces parentales et des effets entrecrois s de leurs facteurs de trans-r gulation Le niveau d expression des g nes d pend de la sur ou sous-r gulation simultan e des deux all les et en particulier de l asym trie des effets des facteurs de trans-r gulation qui semble tre l origine du ph nom ne de level expression dominance Pour l allopolyplo de l tude de l expression relative des g nes hom ologues l chelle du g nome a r v l que les g nes hom ologues des deux sous-g nomes s inter-r gulent et contribuent au transcriptome Le transcriptome de jeunes feuilles de C arabica cultiv s deux conditions de temp ratures chacune convenant l une des esp ces parentales a t analys pour tudier la variation de l expression des g nes hom ologues chez C arabica et son implication dans les capacit s adaptatives La contribution des sous-g nomes au transcriptome est faiblement modifi e par les conditions de culture et n apparait pas directement impliqu e dans la capacit de C arabica tol rer des amplitudes thermiques plus lev es que les esp ces parentales Ces tudes ont permis de caract riser la r ponse transcriptionnelle un v nement d hybridation r cent et ancien Elles mettent en vidence les bases g n tiques de la variation de l expression all lique suite la fusion des r seaux divergents de r gulation des g nes d esp ces parentales Elles ont permis de proposer un mod le de la r gulation de l expression des g nes hom ologues pour C arabica

Polyploïdie et adaptation des plantes : caractérisation et variation de l'expression des gènes homoélogues chez le caféi...

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