Metabolism can be modelled and studied at many levels. The first level is the metabolic pathways, which contain a set of chemical transformations leading to the production of compounds of interest. Alternative metabolic pathways were predicted in an alga using a formalism of the metabolic pathway drift and its implementation with constraint program...
Les organismes vivants sont capables d'exprimer plusieurs transcrits (ou ARN) alternatifs à partir d'un même gène. Ces transcrits sont responsables des mécanismes de régulation de l'organisme, certains sont traduits en protéine. Détecter l'ensemble des transcrits pouvant être exprimés par un gène est aujourd'hui un problème ouvert auquel de nombreu...
Apicomplexan are unicellular eukaryotic microorganisms that have evolved towards strict parasitic lifestyle. Some apicomplexan groups include species that cause serious pathologies such as malaria (Plasmodium ssp.), toxoplasmosis (Toxoplasma gondii) and cryptosporidiosis (Cryptosporidium spp.). While the genomes of these highly pathogenic agents ar...
A l’ère des approches à haut-débit où les flux de données sont abondants, bon nombre de processus restent encore largement inexplorés. Les approches intégratives représentent de nouvelles méthodes de choix pour l’étude de tels systèmes biologiques en permettant leur caractérisation selon plusieurs angles. Dans ce contexte, les travaux de cette thès...
Ma thèse applique le concept d’horloge moléculaire à l’échelle de l’arbre de gène. L’arbre de gène ne se décalque pas exactement sur celui des espèces, car le nombre de copies fonctionnelles dans un même génome varie, soit par duplication sur un nouveau locus, soit par perte (pseudogénéisation ou délétion). Ces événements fréquents de duplication e...
Les deux picocyanobactéries marines Prochlorococcus et Synechococcus sont les organismes photosynthétiques les plus abondants de la planète, leur vaste distribution étant sans doute liée à leur importante diversité génomique. La première partie de mon travail a consisté à étudier les bases génétiques de l'adaptation de ces organismes à des niches é...
In sexual organisms, recombination suppression can evolve in specific genomic regions to protect beneficial allelic combinations, resulting in the transmission of multiple genes as a single locus, which is called a supergene. Supergenes determine complex phenotypes, such as gender in organisms with sex chromosomes. Some sex chromosomes display succ...
La convergence phénotypique, c’est-à-dire l’acquisition indépendante de caractères similaires par des espèces différentes, est omniprésente dans la nature et a été souvent étudiée. Mais ce processus évolutif n’est pas bien compris. Par exemple, de nombreux chercheurs cherchent à comprendre s’il existe des bases génétiques convergentes sous-jacentes...
Le genre Mucor appartient au phylum des Mucoromycota, un groupe issu de l’une des lignées ayant divergé très tôt dans l'évolution des espèces fongiques (early diverging lineages). Ces groupes restent encore très peu connus par rapport aux Ascomycètes et Basidiomycètes. Le genre Mucor est un genre d'espèces saprophytes, avec cependant une certaine d...
La maladie de la rouille foliaire du peuplier causée par des champignons du genre Melampsora (Pucciniales, Basidiomycètes) affecte largement les peupleraies en France. Ces champignons possèdent des cycles de vie complexes et infectent deux hôtes différents. La sécrétion de molécules appelées effecteurs est nécessaire lors du processus d'infection p...
