Les Nouveaux Outils Numériques pour la recherche scientifique

Gestion bibliographique, veille scientifique et gestion du travail de recherche

Que vous soyez étudiants, chercheurs ou ingénieurs vous maîtrisez probablement à la perfection certains outils informatiques : powerpoint, éditeurs de texte, messageries électroniques. D’autres outils, moins utilisés, existent et ont chacun une utilité spécifique. En recherche comme dans de nombreux domaines, il est important d’organiser son emploi du temps et d’utiliser des outils pertinents et adaptés. Avez-vous besoin d’organiser votre veille bibliographique, d’échanger des fichiers volumineux ou bien d’optimiser votre travail d’équipe ? Les petits nouveaux se nomment : ResearcherID, Figshare, Prezi ou Sozi, les connaissez-vous ? Voici un aperçu des outils numériques à utiliser pour la recherche scientifique.

Que vous soyez étudiants, chercheurs ou ingénieurs vous maîtrisez probablement à la perfection certains outils informatiques : powerpoint, éditeurs de texte, messageries électroniques. D’autres outils, moins utilisés, existent et ont chacun une utilité spécifique. En recherche comme dans de nombreux domaines, il est important d’organiser son emploi du temps et d’utiliser des outils pertinents et adaptés. Avez-vous besoin d’organiser votre veille bibliographique, d’échanger des fichiers volumineux ou bien d’optimiser votre travail d’équipe ? Les petits nouveaux se nomment : ResearcherID, Figshare, Prezi ou Sozi, les connaissez-vous ? Voici un aperçu des outils numériques à utiliser pour la recherche scientifique.

 

Une version en anglais de cet article est disponible : The new digital tools for scientific research 

 

 

Gestion bibliographique et veille scientifique

 

Notre article sur les outils de veille scientifique en open access et moteurs de recherche est resté depuis septembre 2011 l’article le plus consulté sur le blog MyScienceWork. Ceci prouve l’intérêt de dresser un panel des divers outils disponibles.

La première étape de ce processus est la veille scientifique. Elle peut être faite de façon systématique via des Google Alertes surveillant des mots-clefs ou les flux RSS des revues qui peuvent être facilement gérés grâce à des outils comme Google Reader et Netvibes. Elle peut aussi être plus sélective. Nous appelons couramment curation la sélection d’articles pertinents et de qualité parmi la masse d’informations disponibles. Les réseaux sociaux permettent la veille collaborative et le partage de bibliographie (voir "Les réseaux sociaux pour Scientifiques").

 

La bibliographie à l'ancienne - Crédits : gadl/Flikr
Bibliographie pile de dossiers

 

La gestion de bibliographie est ensuite au centre de l’activité de recherche car au fil des années la liste d’articles lus et cités devient forcément importante. Des outils de gestion bibliographique permettent de gérer en ligne ou sur son ordinateur ces listes de publications et les fichiers qui y sont associés, généralement sous format pdf. Ces outils numériques offrent la possibilité de générer automatiquement des notes de bas de page et des références bibliographiques selon toutes sortes de formats de publication : Nature, Science, PNAS. Il existe aujourd’hui une vingtaine de logiciels bibliographiques dont les propriétés ont été référencées sur la page Wikipédia : Comparison of reference management software. La plupart permettent d’exporter les informations relatives à une publication depuis les sites web des revues scientifiques (Nature, Cell, PLoS..) et des bases de données (Web of Science, Pubmed, ArXiv, Google Scholar, IEEE Xplore, CiteSeer, Science Direct, WorldCat).

Les logiciels les plus courants sont probablement EndNote, RefWorks, CiteULike, Papers sur Macintosh et JabRef qui gère pour l’éditeur LaTeX les références en format BibTex. Seul JabRef est gratuit et développé en open source. L’achat de Papers et EndNote coûte respectivement 80 et 300 dollars et la licence de RefWorks est de 100 dollars par an. L’usage d’EndNote est certainement le plus répandu, notamment dans les facultés de médecine et de pharmacie qui apprécient son haut niveau de sécurité (EndNote est un logiciel local et hors-ligne). De plus, il permet de gérer de plus grandes bases de données et offre aux institutions des licences à prix réduits pour leurs étudiants et chercheurs.

 

Mendeley et Zotero sont aussi des outils très utilisés. Entièrement en ligne, ces deux outils offrent en plus des fonctionnalités sociales : partage de bibliographies et de documents en pdf, annotations de textes. Ils permettent aussi de générer automatiquement des bibliographies compatibles avec d’autres formats de stockage de références (EndNote, BibTeX) ainsi que des éditeurs de texte (Microsoft Word, OpenOffice, Latex). Des applications Iphone/Ipad sont disponibles et Zotero, développé en open source, est aussi disponible sur Androïd.

Mendeley et Zotero favorisent la communication entre scientifiques autour du partage de bibliographies et de référence. Le partage de veille scientifique, autrement appelée curation, est une activité que l’on retrouve aussi sur certains réseaux sociaux généralistes, notamment Twitter. Cet usage est relativement plus courant dans les pays anglo-saxons. Il favorise les échanges interdisciplinaires et place l’utilisateur au centre d’une communauté d’intérêts communs partageant leurs efforts de veille.

 

Les logiciels numériques, outils de base du doctorat de recherche © Steve Young - Fotolia.com
Doctorant

Optimiser le travail d’équipe

 

La recherche est rarement une activité solitaire. Des réunions et brainstorming rythment la vie des laboratoires. Certains outils simples et courants y ont peu à peu été adoptés. Colwiz, par exemple, est un logiciel de gestion bibliographique associé à des calendriers, des agendas et quelques outils pour gérer efficacement des emplois du temps. Parmi les plus classiques, Google Agenda permet le partage d’agendas collectifs et Doodle permet de planifier des événements et réunions ou de sonder l’opinion de groupes de travail. Les sites de partage de contenus, par exemple dropbox, simplifient le partage de documents volumineux. Ce logiciel permet, comme Google Docs, de travailler en parallèle sur des documents et par exemple de rédiger en simultané un texte.

 

Des plateformes de partage de contenus et de données

 

Cette tendance est désignée sous les termes d’open data et open science. Elle vise la mise en ligne des données scientifiques pour qu’elles soient éventuellement réutilisées. C’est aussi une initiative visant une plus grande transparence, objectif partagé par Open Data, un site qui depuis décembre 2011 rassemble les données publiques du gouvernement français. Plusieurs disciplines scientifiques comme la génétique et les sciences humaines s’essaient à l’open data. Pourtant le partage de données rencontre encore des difficultés techniques majeures en plus d’être freiné par la compétition scientifique. Documenter des résultats de façon complète (conditions expérimentales, paramètres de configuration de tous les instruments de mesures etc.) afin de les rendre accessibles aux autres est une tâche longue et complexe. Elle nécessite encore aujourd’hui d’être repensée et uniformisée.

Plus spécifique, SciVee permet le partage de vidéos et de podcasts scientifiques. Il encourage le partage d’enregistrement de conférences, une pratique de plus en plus courante. Pour accompagner l’activité de recherche étape par étape, il existe MyExperiment, un environnement collaboratif de partage ‘workflows’ ; c’est-à-dire tout ce qui est en lien avec les différentes « tâches » du processus de recherche. Figshare propose depuis peu le partage des contenus de recherche, le tout en licence creative commons et slideshare met à disposition les supports visuels de conférence et de congrès.

Pour les scientifiques qui disposent de nombreuses données à exploiter, il peut aussi être intéressant de l’investir dans un projet de science citoyenne. Sous ce terme sont regroupés des serious games comme Foldit et des projets de science collaborative comme zooniverse. Le projet kaggle propose quant à lui de faire de l’analyse de données un sport de compétition.

 

Les inclassables

 

Totalement à part, ResearcherID est un excellent site dont l’objectif est d’uniformiser l’identité des auteurs de publications scientifiques. Il assigne aux auteurs un identifiant unique et permet de lever les ambiguïtés liées aux différences de mise en forme (Prénom Nom, Initiales Nom, Initiales de tous les prénoms Nom etc.) Cette pratique améliore notamment le calcul des facteurs d’évaluation de la recherche : H-index, nombre de citations etc. Il permet de gérer son identité sur internet et de remplir un profil professionnel détaillé.

 

Utiliser des gestionnaires numériques efficaces pour ne pas être submergé de données
Gestionnaire de mail

Inutile de le présenter, Microsoft PowerPoint est le logiciel de présentation par excellence. Beamer est par contre le logiciel des utilisateurs de LateX. Mais il existe maintenant de nouveaux logiciels (Prezi et Sozi pour une forme gratuite et open source) qui permettent d’animer des présentations avec des effets visuels captivant l’attention de l’audience. Idéal pour instiller un renouveau d’attention sur un sujet maintes fois ressassé. Ils sont aussi très interactifs et s’adaptent particulièrement bien au partage sur internet.

 

La nanopublication : vulgariser ces travaux pour une meilleure visibilité

 

Les blogs scientifiques sont apparus essentiellement dans les pays anglo-saxons. Ils sont généralement animés par un ou plusieurs chercheurs-bloggeurs qui effectuent une veille scientifique et discutent de sujets/résultats au travers de billets. Cette pratique favorise la diffusion des connaissances scientifiques. Elle contribue à construire l’e-réputation de ces Hommes de science et leur accorde un espace privilégié de parole. En effet, s’il est important de faire rayonner les connaissances pour une meilleure compréhension des enjeux par le public, il est aussi primordial que les experts prennent la parole ouvertement sur les sujets complexes et qu’ils affirment leur position pour améliorer les prises de décision des administrations. En anglais, ResearchBlogging et ScienceSeeker sont probablement les deux plateformes de blogs de scientifiques les plus connues. Elles regroupent des centaines de posts issus de blog scientifiques. Depuis 2006, le [email protected]é des sciences regroupe de façon similaire une communauté de blogs de qualité publiés par des chercheurs francophones et des passionnés de science. Les usages diffèrent suivant les disciplines, notons par exemple l’originalité des carnets de recherche de la plateforme de sciences humaines Hypotheses.org.

De façon plus générale, le terme de nanopublications regroupe toutes les actions favorisant la diffusion des résultats scientifiques sur internet. Outre les posts de blog, il englobe aussi les messages sur les réseaux sociaux : tweets et posts Facebook visant, grâce à une ou deux phrases d’accroche, d’inciter les contacts à lire une publication ou à diffuser une information. Notre article 'Twittos scientificus' dressait au travers de trois interviews un bilan des aspects de l’utilisation de Twitter lors de l’activité de recherche. Ces sites, que l’on nomme réseaux sociaux, proposent de pratiques favorables à l’e-réputation et à la visibilité et accessibilité des chercheurs sur internet.

Toutes ces activités de travaux collaboratifs et de visibilité sur internet modifient le fonctionnement de la recherche car elles lèvent le voile sur une partie des activités des chercheurs. Plus exposés aux critiques et aux commentaires, les scientifiques reprennent désormais une place centrale dans la société. Dans cette lignée, des réseaux sociaux dédiés aux scientifiques (MyScienceWork, ResearchGate) ont vu le jour. Ils accompagnent l’ouverture actuelle de la science vers l’international et vers la multidisciplinarité (voir 'Les réseaux Sociaux pour Scientifiques" sur MyscienceWork).

 

Pour en savoir plus :

 

MyScienceWork sur Scoopit : Scientific Social Networks http://www.scoop.it/t/scientific-social-network

Les réseaux Sociaux pour Scientifiques, MyScienceWork, http://blog.mysciencework.com/2012/04/02/les-reseaux-sociaux-pour-scientifiques.html

Un mindmap sur le sujet http://www.educavox.fr/formation/article/veille-scientifique-methodologie

Les outils numériques de la recherche : bref survol http://act.hypotheses.org/436

Outils 2.0 pour chercheurs http://www.scoop.it/t/scientific-social-network/p/473008650/outils-2-0-pour-chercheurs-mai-2010

L’identité numérique du chercheur http://www.scoop.it/t/scientific-social-network/p/470787531/l-identite-numerique-du-chercheur

Intelligence scientifique et veille http://intelligencescientifique.wordpress.com/

Veille sur Twitter http://cupnet.net/veille-scientifique-twitter/